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買取再販で建物付きの不動産を売買するとき、避けて通れないのが「土地と建物の消費税の按分」です。土地の譲渡は非課税、建物の譲渡は課税——だから総額のうち"建物がいくらか"を分けないと、納める消費税も仕入税額控除も計算できません。しかも按分の根拠は税務調査でも見られる論点。ここを押さえておきましょう。消費税・インボイスの全体像は 消費税とインボイス もあわせてどうぞ。
先に結論： 土地は非課税・建物は課税なので、売買総額を土地分と建物分に按分する必要があります。按分は①契約書で対価を区分 ②固定資産税評価額の比で按分 ③時価（鑑定等）で按分などの合理的な方法で行い、恣意的な配分（建物を不当に大きく/小さく）は否認リスク。按分次第で消費税額・仕入税額控除・粗利が変わるため、根拠を残すことが実務の肝です。
※本記事は一般的な考え方の整理です。税率・按分の適否・課税関係は個別事情で異なり、当サイトでは断定しません。数値は架空の計算例です。実際の処理は必ず顧問税理士・国税庁の一次情報でご確認ください。
なぜ按分が必要か——土地は非課税、建物は課税
消費税では、土地（その上に存する権利を含む）の譲渡は非課税、建物の譲渡は課税と扱われます（国税庁）。買取再販は「建物付き土地」をまとめて売買するため、総額のうち建物部分にだけ消費税が乗る。したがって、
- 仕入れ時：売買代金のうち建物分を把握（税込なら税抜へ）。適格請求書発行事業者でない売主から棚卸資産の建物を買う場合の帳簿保存による控除など、消費税とインボイス の論点も関係します。
- 販売時：買い手（特に事業者・課税事業者）への説明のため、建物価格と消費税額を明確にする。
この「建物がいくらか」を決めるのが按分です。
按分の方法（一般に用いられるもの）
土地・建物の対価をどう分けるかは、合理的な方法であることが求められます。実務で広く使われるのは次のような方法です。
-
契約書で土地・建物の対価を区分して記載する
売買契約で土地〇円・建物〇円（＋消費税）と明記していれば、それが基本になります。当事者間で合理的に区分されていることが前提です。 -
固定資産税評価額の比で按分する
土地・建物それぞれの固定資産税評価額の比率で総額を按分する方法。客観的な公的評価額を使う合理的な方法として広く用いられます。 -
時価（不動産鑑定評価など）で按分する
鑑定評価額や、建物の標準的な建築価額などから建物価格を求める方法。
注意：恣意的な配分は否認リスク。たとえば「仕入税額控除を増やすために建物を過大にする」といった合理的根拠のない配分は、税務調査で否認され追徴となるおそれがあります。どの方法で・なぜその金額かの根拠を残すことが重要です。どの方法が適切かは物件・状況で異なるため、税理士に確認してください。
計算例（架空）——固定資産税評価額按分のイメージ
※あくまで理解のための架空例です。実際の税率・端数処理・適否は税理士にご確認ください。
- 売買総額（土地＋建物、税込）：4,000万円
- 固定資産税評価額：土地1,500万円／建物1,000万円（比 = 6:4）
- 按分：土地分 = 4,000万 ×(15/25)= 2,400万円（非課税）／建物分（税込）= 4,000万 ×(10/25)= 1,600万円
- 建物分1,600万円（税込）を税抜と消費税に分解して、消費税額を把握する
按分比率が変われば建物価格＝課税対象額が変わり、納税額・仕入税額控除・粗利が動きます。だから按分は「粗利計算の入り口」でもあります（→ 利益率／諸経費）。
もう一つの落とし穴——課税売上割合
買取再販は土地（非課税売上）の売上が大きくなりがちです。すると課税売上割合が下がり、一定の場合に仕入税額控除が制限されることがあります。一般に、課税売上高が5億円超、または課税売上割合が95%未満の課税期間は、課税仕入れの税額を全額は控除できず、個別対応方式・一括比例配分方式で計算します（国税庁）。
土地の売上が多い事業構造では、ここが効いてくる場合があるため、自社の課税売上割合と控除方式を税理士と確認しておくことをおすすめします。詳しくは 消費税とインボイス を参照。
まとめ
- 土地は非課税・建物は課税——だから総額を土地・建物に按分する必要がある
- 按分は契約書の区分／固定資産税評価額按分／時価按分など合理的な方法で
- 恣意的な配分は否認リスク——「なぜその金額か」の根拠を残す
- 課税売上割合（5億円超・95%未満で控除制限）にも注意
- 按分は消費税だけでなく粗利計算の入り口——数字を握っておく
按分は地味ですが、間違えると追徴・粗利のズレに直結します。方法を決め、根拠を残し、税理士に確認する——この3点を仕組みにしておきましょう。
よくある質問（FAQ）
Q. 土地と建物の消費税の按分はどうやって決めますか？
A. 合理的な方法によります。実務では、契約書で土地・建物の対価を区分して記載する、固定資産税評価額の比で按分する、時価（鑑定評価等）で按分する、などが用いられます。恣意的な配分は税務調査で否認されるおそれがあるため、根拠を残すことが重要です。個別の適否は税理士にご確認ください。
Q. なぜ買取再販で土地・建物の按分が重要なのですか？
A. 土地の譲渡は非課税、建物の譲渡は課税のため、建物部分にだけ消費税がかかります。按分比率で課税対象となる建物価格が変わり、納める消費税・仕入税額控除・粗利が動くためです。
Q. 消費税の課税売上割合とは何ですか？
A. 課税売上と非課税売上の合計に占める課税売上の割合です。買取再販は非課税の土地売上が大きくなりやすく、課税売上高が5億円超または課税売上割合が95%未満の場合、課税仕入れの税額を全額控除できず、個別対応方式・一括比例配分方式で計算します。
出典・参考（一次情報）
- 土地の譲渡・貸付けの非課税：国税庁 No.6201 非課税となる取引
- 課税売上割合・仕入税額控除：国税庁 No.6401 仕入控除税額の計算方法
- 宅建業者が中古建物（棚卸資産）を買い取る場合の特例：国税庁 No.6496 仕入税額控除～帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる場合
- 土地・建物一括譲渡時の按分：国税庁 質疑応答事例「建物と土地とを一括して譲渡した場合の取扱い」
税率・按分方法の適否・課税関係は改正や個別事情で変わります。本記事は一般的な整理であり、実際の申告・納税は顧問税理士および国税庁の一次情報で必ずご確認ください。